Il 1º giugno 2002 BPN (società cooperativa) si fonde con la Banca Popolare di Verona-Banco S. Geminiano e S. Prospero, creando il Banco Popolare di Verona e Novara. Contestualmente alla nascita del nuovo gruppo, a seguito del conferimento del ramo di azienda bancaria della ex Banca Popolare di Novara, viene costituita una nuova società – controllata al 100% dalla capogruppo Banco Popolare di Verona e Novara S.C. – denominata "Banca Popolare di Novara S.p.A.", costituita dalla rete di sportelli ubicata nelle zone di presenza storica.
Il 1º luglio 2007 il Banco Popolare di Verona e Novara si fonde con la Banca Popolare Italiana, dando vita al Banco Popolare, che controlla interamente la Banca Popolare di Novara S.p.A..
Il 27 dicembre 2011 si completa il progetto di fusione per incorporazione nel Banco Popolare con la conseguente cancellazione della vecchia denominazione sociale "Banca Popolare di Novara S.p.A." e dei relativi organi amministrativi, rimanendo un marchio commerciale del gruppo.